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Das Natur-Museum Luzern beherbergt im Dachgeschoss drei grosse Herbarien: Das Herbarium lucernense (derzeit rund 26'000 Belege) umfasst die Belege des Kantons Luzern und stellt die Grundlage für die im Jahre 1985 erschienene Flora des Kantons Luzern dar. Im Herbarium generale werden die Pflanzen aus der übrigen Schweiz und aus aller Welt gesammelt (rund 33'000 Belege).
Das Herbarium Wallimann (rund 16'000 Belege), ein Geschenk des Kantons Obwalden, ist das Lebenswerk von Hans Wallimann und umfasst neben der Flora des Kantons Obwalden Pflanzenfunde aus aller Welt.
An kleineren Herbarien sind zu erwähnen: Herbarium engelbergense, Herbarium Arnold, Herbarium Bachmann (Grönland), Schweizerische Gräsersammlung (Stebler/Schröter), Herbarium Ehrler (Farne), Garten- und Parkflora.
Die elektronische Datenerfassung dieser Herbarien mit einer Gesamtzahl von geschätzten 77’700 Belegen ist ein Schwerpunkt der derzeitigen Arbeit. Die Herbarien lucernense und Wallimann sind vollständig digitalisiert.
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